据知情人士向记者透露，中央派调查组在广东、江苏、上海等出口大省（市）就新方案进行调研时，就已经听到了许多来自这些省市发出的不同乃至反对的声音。这无疑给出口退税新政的具体实施增添了变数。
中山大学财税系教授杨卫华表示说：“根据我所知，现在已经有一些地方不鼓励或者不准外贸企业进行收购出口。在当地采购的给予退税，而在外地采购的则不给予。”
他认为，这很可能会导致生产地政府和出口地政府、出口地政府和外贸部门，以及地方政府和国家税务局的矛盾。
增值税返还逐年减少然而，地方政府似乎也有不得已的苦衷：一是增值税的返还逐年减少，二是大量的免抵税额又冲消了地方税收。
广东省目前出口退税的分担机制是由市县直接负担出口退税。广东省财政厅预算处副处长戴穗生解释说，这和广东省的增值税分成方式是一脉相承的。地方的增值税分成，广东省级财政没有参与分成，是直接下放到市、县，所以出口退税也由市县负责。
