集贸市场税收管理一直是税收征管工作的难点，集贸市场税收绝对额不大，涉及到方方面面，影响面很大。昆山市国税局城区分局现有各类市场30只，为了进一步规范集贸市场税收秩序，优化市场经济环境，分局从四方面着手进行科学化、精细化管理集贸市场税收。
一是户籍管理制度，要求进入集贸市场的所有业主办理税务登记证，纳入计算机定位管理，杜绝漏征漏管 “盲点”；
二是分类管理制度，及时掌握了解市场内工商户的经营动态，对不同行业、不同类型的个体户实行分类管理，对市场经营大户督促建账建制，实施查账征收、以票控税管理；对一些规模较大，管理较规范的市场实行委托代征，在市场内全面安装计算机普通发票开票系统，对纳税户实行统一开票，消除阴阳发票、虚开、乱开等违法行为；同时加大发票宣传力度，让消费者知道发票不仅是合法的消费凭证，还可以进行对奖，鼓励消费者在消费时索要发票，以调动社会力量监督应税行为。
三是“透明定税”制度，对市场内个体户逐户核定定额，每季张榜公示市场业主定税、纳税情况，自觉接受社会各界监督，消灭“关系税”、“人情税”等不廉行为；让纳税户交放心税、交明白税。
四是市场跟踪管理制度，市场税收管理员经常巡查，及时摸清市场内个体户的数量、经营情况，对假报停歇业、漏征漏管、复业和未按规定办理税务登记等问题及时纠正处理，并公开暴光一些违章行为，维护市场正常运行。
